Simple allele frequency estimation

Estimates allele frequencies from a database with DNA profiles

freqEst(x)

Arguments

x	A database of the form ['id','locus1 allele1','locus1 allele2',...,'locusN allele 1','locusN allele2'].

Value

Returns a list of probability vectors - one vector for each locus.

Details

Computes the allele frequencies for a given database.

Examples

  data(dbExample)
  freqEst(dbExample)
#> $D16S539.1
#> allele
#>     10     11     12     13     14      8      9 
#> 0.0195 0.2755 0.2860 0.2255 0.0020 0.0005 0.1910 
#> 
#> $D18S51.1
#> allele
#>     11     12     13     14     15     16   16.2     17     18     19     20 
#> 0.0175 0.0955 0.0825 0.1705 0.1370 0.2390 0.0045 0.1535 0.0695 0.0035 0.0010 
#>     21 
#> 0.0260 
#> 
#> $D19S433.1
#> allele
#>     11     12   12.2     13   13.2     14   14.2     15   15.2     16   16.2 
#> 0.0030 0.0540 0.0010 0.2015 0.0065 0.3895 0.0505 0.1740 0.0635 0.0555 0.0010 
#> 
#> $D21S11.1
#> allele
#>     27     28     29     30   30.2     31   31.2     32   32.2   33.2   34.2 
#> 0.0280 0.3940 0.2195 0.1620 0.0465 0.0695 0.0230 0.0040 0.0415 0.0075 0.0045 
#> 
#> $D2S1338.1
#> allele
#>     14     16     17     18     19     20     21     22     23     24     25 
#> 0.0005 0.0420 0.1235 0.1335 0.1350 0.0920 0.0690 0.0070 0.1675 0.1015 0.1260 
#>     26 
#> 0.0025 
#> 
#> $D3S1358.1
#> allele
#>     11     14     15     16     17     18     19 
#> 0.0045 0.1365 0.3270 0.2675 0.1355 0.1150 0.0140 
#> 
#> $D8S1179.1
#> allele
#>     10     11     12     13     14     15     16      8 
#> 0.0700 0.0695 0.2125 0.2915 0.1740 0.1030 0.0730 0.0065 
#> 
#> $FGA.1
#> allele
#>     18     19     20     21     22   22.2     23   23.2     24     25     26 
#> 0.0040 0.0445 0.1560 0.1715 0.1435 0.0035 0.1310 0.0380 0.1600 0.0125 0.1250 
#>     27     29 
#> 0.0005 0.0100 
#> 
#> $TH01.1
#> allele
#>     10      6      7      8      9    9.3 
#> 0.0005 0.1525 0.2945 0.0910 0.1105 0.3510 
#> 
#> $vWA.1
#> allele
#>     13     14     15     16     17     18     19     20     21 
#> 0.0005 0.1255 0.0915 0.2095 0.2860 0.2350 0.0475 0.0040 0.0005 
#>